对疑似患有遗传病的新生儿进行全基因组测序具有成本效益

近日，此前打破遗传诊断世界纪录的瑞迪儿童基因组医学研究所的研究人员在《npj Genomic Medicine》杂志上 发文 表示，对新生儿重症监护室（NICU）中疑似患有遗传病的婴儿进行快速的全基因组测序诊断，不但能够挽救婴儿的生命，而且具有成本效益。

研究人员表示，42 名婴儿测序后，43% 获得了诊断，共计节省医疗保健费用近 13 万美元。重要的是，基于测序的检测让 11 名婴儿避免了并发症，4 名婴儿避免了严重并发症，并让 1 名患者的死亡概率降低了 43%。

尽管快速全基因组测序（rWGS）可考虑作为急性病住院患者的一线检测，但仍然需要进一步研究，来评估结果是否持续改善，以及 rWGS 的最佳时机，作者写道。

今年 2 月，瑞迪研究所的研究人员在 Illumina 等有关方面的协助下，成功在 19.5 小时内对一名患者的全基因组进行测序与分析，并得出遗传诊断结果，打破了之前 26 小时的吉尼斯世界纪录。

在这项研究中，研究人员将 rWGS 的方案应用在 42 名婴儿上。他们同时分析了 30 个病例的父亲和母亲基因组、9 个病例的母亲基因组，以及 1 个病例的患病兄弟姐妹。对于 3 个病例，他们只分析了患病的婴儿。

与此同时，所有患病婴儿都接受了标准的遗传病诊断检查。瑞迪研究所的 rWGS 检测诊断出 18 名婴儿（43%）的病情，而标准的检查只诊断出 4 名患者（10%），这 4 名患者同时也被 rWGS 检测诊断出，没有假阳性。

rWGS 的诊断导致 13 名患者的管理发生改变，而标准检查程序下只有 1 名。rWGS 还使得 11 名患者的结果发生改变，而标准检查程序没有。此外，标准的检查使得 33 名婴儿接受了 144 次基因检测。

瑞迪的研究团队由著名遗传学家 Stephen Kingsmore 领导，正在稳步积累对疑似患有遗传病的婴儿进行诊断性全基因组测序的病例。

2015 年，Kingsmore 带领了儿童慈善医院的一个团队，在《柳叶刀 呼吸医学》杂志上发表了一项 35 名婴儿的回顾性研究，显示大约一半的患者是通过全基因组测序诊断的，而其中三分之二患者的治疗管理发生了变化。

去年，Kingsmore 在一次会议上介绍了一些案例，其中包括一名自出生以来一直癫痫发作的三日龄婴儿。测序能够诊断婴儿，并提出一种治疗措施，阻止婴儿的癫痫发作并使婴儿顺利出院。

在去年的美国人类遗传学和基因组学学会的会议上，瑞迪研究所的 Shimul Chowdhury 介绍了本研究所描述的 42 名婴儿的初步结果。

在这项研究中，除了评估 rWGS 的临床作用之外，研究人员还分析了医疗成本和医院成本。研究人员利用专家咨询法（Delphi 法）对成本进行深入分析。对于测序诊断出的 6 个病例，之前曾有类似的病例在瑞迪诊断过，或者有医疗成本和治疗费用发表。于是，研究人员开展了平行比较以评估结果和成本。

总的来说，研究团队发现，基于测序的诊断让医疗成本降低了 80 多万美元，并将住院时间缩短了 124 天。对于其中的一个案例，诊断使父母决定终止治疗，并为宝宝提供姑息治疗，因为这种疾病是致命的，目前没有任何的治疗方法。研究人员指出，如果诊断能够更快实现，姑息治疗可能会更早开始，额外节省 120 万美元。

与标准的检查程序相比，测序带来了更早的诊断和治疗，这大大节省了医疗成本。

例如，一名婴儿在出生后立即开始癫痫发作，测序能够诊断并提出治疗方案，从而在 4 天后控制癫痫发作。相比之下，六个月前有一名症状几乎相同的婴儿被送进 NICU，标准的检查程序花了六个星期。他的癫痫发作无法控制，导致发育迟缓，并且不得不在医院待上 59 天，花费了 211,484 美元。

研究人员估计，对患病婴儿开展测序检测可以节省 181,481 美元。不过，这笔费用仅仅包括省下的住院费用。“防止神经损伤的费用节省还未计算在内，”作者写道。

研究人员报告称，他们目前已经分析了约 250 名婴儿，对这些病例的全面分析可能会提供更准确的成本分析。在这些病例中，他们发现了几个类似的病例，包括同样癫痫发作的婴儿，以及患有先天性肌病的婴儿。基于测序的检测让医生诊断出杆状体肌病（nemaline myopathy），从而使婴儿避免肌肉活检。

他们还指出，他们的成本分析是保守的，并没有考虑到其他重要因素。例如，“婴儿遗传病对家庭产生了严重的情感、经济、社会和身体压力，”作者写道，包括“父母离异、抑郁和焦虑，以及兄弟姐妹的行为、发育和持续的健康并发症，这些并发症的成本并未考虑”。

如今，瑞迪的研究团队还在不断扩大快速测序方案，并计划在桑福德儿童基因组医学联盟的六个儿科医院中实施检测。

文章来源：序说DNASpeaking