“与世界各地的‘Eyewirers’(Eyewire挑战玩家)合作,我们制作了一个数字 博物馆,展示了美丽而复杂的视网膜神经回路,”普林斯顿大学神经科学研究所(PNI)计算机科学教授和神经科学教授Sebastian Seung说。相关论文发表在5月17日的《Cell》杂志。
“这个交互式阅读器是属于全球大规模合作的巨大财富,”Eyewire执行总监、PNI众包专家Amy Robinson Sterling说。为民间科学家打造的Eyewire在线游戏平台生成了这些数据。
“该博物馆有点像大脑图册,”文章四位共同第一作者之一、电子工程专业研究生Alexander Bae说。“它前所未有地允许用户在单细胞水平或细胞子集水平可视化大脑,并与这些细胞进行交互。另一个新颖之处在于,我们不仅展示了每个细胞的形态,而且还富含细胞功能数据。”
神经图册由在线游戏玩家共同开发,玩家投入了成千上万个小时,对2009年科学家们在小鼠视网膜中采集的数据进行精细拼图。
Eyewire引入了机器学习以追踪每条神经元路径上的玩家。人类在视觉上更善于识别神经元的模式,所以每个玩家的动作都会被高级玩家和Eyewire的工作人员记录和检查,同时,软件也不断提高自己的模式识别技能。
自从2012年推出Eyewire以来,超过265000人签署参加了这项运动,他们总共攒聚了1000多万个3D“立方体”,映射了超过3000个神经元,数字博物馆中约展出1000个。
每个“立方体”都是单细胞的一个微小子集,10×10个立方体也仅为头发丝的宽度,每个细胞由5-25名玩家进行评审,直到被系统完全接受。
“回到几年前,一个细胞需要花费数周才能完成,”Sterling说。“现在一天玩家们就可以完成数个神经元。”
Eyewire游戏的用户体验专注于“科学研究”,同时它也是一个典型的游戏环境,有聊天功能、成就徽章、在线匹配其他玩家和技术支持,以及解锁特权和提高技艺的能力。“顶级玩家每周在线时间无疑超过了30个小时,”Sterling说。
“玩家也可以在其他方面做出贡献,比如捐献游戏中获得的游艇,”Sterling说。“为了使其更高效、更有趣,我们还加入了简介历史、玩家活动地图、前100名排行榜和不断增加的可定制水平。平台隐形驱动力在于‘当你上线,你并不孤单,它会显示网上有43人正在游戏,其中一些人是来自波士顿和普林斯顿的管理者,大部分是普通玩家,更新,现在有46人在线’。”
大脑内有1000亿个神经元通过数万亿的连接彼此通讯,神经科学家们正试图组装这些几乎不可测量的“零件列表”。计算机科学研究生Nicholas Turner说:“如果你知道机器的部件组成,你就会明白它是如何运作的。”
研究人员从小鼠视网膜上截取的神经节细胞(ganglion cells)开始追踪。“视网膜的功能不仅仅是感光,视网膜神经回路是视觉感知的第一线。”
视网膜和大脑来自相同胚胎组织,虽然相对比大脑简单,仍有很多令人惊讶之处。
不同类型的神经节计算不同类型的视觉特征,利用Eyewire测绘的396个神经节细胞,Seung实验室的研究人员对这些细胞进行了前所未有的精准分类。
“首先,不同细胞类型的数量是一个惊喜,”共同一作、PNI副研究员Shang Mu说。“几年前,人们曾认为只有15-20种神经节细胞类型,但是在这项研究中,我们发现了超过35种神经节细胞,我们估计在35-50种之间。”
其次,其中6种非常新颖。研究人员在任何文献中都搜索不到匹配的描述。
数字博物馆揭示了神经元的高度扁平化,几乎所有分支都发生在二维平面。Seung研究小组发现,不同细胞生长在不同平面,一些细胞在分支之前达到核(nucleus)上,另一些则在核附近扩散,神经元组成的图册就像热带雨林,包括地面、林下、树冠和超过其余部分的紧急层植被。
所有这些都是内部从状层(inner plexiform layer)的细分,后者是已经确定的五个视网膜层之一。研究人员还发现了一种用于区分神经元类型的“密度守恒原理”。
“仅1小片鼠的视网膜,将近10年后,我们仍能从中学到新知识,这是该研究带给我们的最大震惊,”Seung总结道。
原文:Digital Museum of Retinal Ganglion Cells with Dense Anatomy and Physiology
DOI号:10.1016/j.cell.2018.04.040
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