《Nature Methods》：表观遗传学研究惊现重大技术错误

　　瑞典林雪平大学（Linköping University）的研究人员发现，表观遗传学领域使用最广泛的方法之一，DIP-seq，可能会产生误导性结果，《Nature Methods》论文指出，大数据和先进DNA分析方法被用于大量表观遗传学研究，之前报道的DIP-seq数据应被回收处理以纠正误差，这可能导致表观遗传学领域颠覆性的新发现。

原则上，我们体内每一个细胞的DNA序列都是相同的。然而，基因组在不同类型细胞中的行为相当不同。这意味着，存在额外信号控制每种细胞类型应该使用哪种基因。其中一种调控方式是通过直接在DNA序列上添加化学基团进行标记，这些DNA序列化学修饰通常被称为部分“表观遗传密码”。基因的表观遗传调控对人类正常发育极为重要，也关系到包括癌症在内的许多疾病进展。

林雪平大学的研究人员报道，表观遗传学研究最常用的方法之一，DNA免疫沉淀测序（DNA immunoprecipitation sequencing，DIP-seq）有一个致命弱点。简单地说，该方法主要基于挑选携带特定表观遗传信号的DNA部分，研究人员使用各种抗体识别特定化学结构并与之结合，然后根据抗体排序鉴定与之结合的DNA序列。临床和实验医学系助理教授Colm Nestor注意到，某些表观遗传标记总倾向于发生在同一个地方，甚至位于本来不应该出现表观遗传标记的DNA上。

“我们的发现强调，在使用高通量技术进行研究时，应该注意实验验证。现在，大量高通量研究缺乏实验严谨性，导致流通数据结果下面可能隐藏着普遍的错误，而这些错误又被重复研究的‘一致性’所掩盖，”Nestor说。

分析了超过125个现有数据集后， Nestor课题组揭示，DIP-seq普遍检出不含任何表观遗传标记的DNA序列，这些假阳性数据构成了被检DNA区的50-90%，在不同数据集表现出的效应大小不同。

不过，相关研究人员也无需紧张。“如今，我们已经知道有错误存在，只要加以校正，表观遗传领域将从中获得新的发现，”Nestor说。他们指出，绝大多数现有研究的结果都是正确的。“我们应该继续使用这些方法，但是建议通过增加适当的实验设计来纠正这些错误。”

原文检索：A reassessment of DNA-immunoprecipitation-based genomic profiling