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4篇Nature重磅:DNA纳米技术绘制出世界最小《蒙娜丽莎》

近日,《Nature》杂志同期刊登了四篇DNA纳米技术的论文,三篇研究带来了搭建DNA纳米结构的新方法,一篇研究降低了关键步骤的成本。同为顶级期刊的《Science》也兢兢业业奉上一篇长评。DNA纳米技术的时代已经来临。

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美国加州理工学院的生物工程研究院的研究人员发明的一种DNA折纸技术,能让科学家们制造出任何特定图案的自组装DNA结构,而其大小只有100纳米宽,1滴水中就能容纳500亿份这样的DNA图案。

DNA折纸革命彻底改变了纳米技术领域,开辟了构建微型分子器件或“智能”可编程材料的可能性。然而,其中一些应用需要更大的DNA折纸结构。

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DNA可以随意搭建各种形状

我们都知道,DNA分子具有四种不同的碱基,两两配对,保证遗传密码不会遗传着遗传着就乱了。那换个角度想,按这种严谨的配对方式,如果把DNA分子作为建筑的“砖块”,碱基就是抹砖的“水泥”,牢固不说,在条件合适的情况下,它们还是自动组装的呢,用不着科学家一块砖一块砖地搭建,别提有多方便了。

那DNA纳米技术能用来干什么呢?它的应用可多着呢。2009年的时候,丹麦奥胡斯大学的研究者做了一个DNA折纸盒子(DNA Origami Box)。这个盒子大小只有42×36×36nm,纯粹由DNA分子组成,盖子还可以打开。更奇妙的是,这盒子居然还有“锁”——盒盖上有两段DNA序列,能够识别特定外来DNA。这是世界上最小的保险箱嘛。

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两个基因锁同时打开,指示剂就亮了

科学家做这个保险箱出来可不是为了装钞票(也装不下)。这个盒子的锁对应特定的DNA打开,这就意味着,我们可以根据特定疾病的标志性基因造盒子啊!在盒子里装上药物,盒子不就成了一个精准定位的药物炸弹了嘛。研究者还很机智地给基因锁加上“指示灯”,锁打开,连接的荧光指示剂就会变色。这可比苦兮兮地各种测量要方便多了。

现在,加州理工学院生物工程研究院的钱璐璐助理教授,以及实验室的科学家们,开发出了一种廉价的方法,通过DNA折纸技术来创造出一种可以显示任何图像的画布。为了证明这一点,该研究小组绘制了世界上最小的达·芬奇的《蒙娜丽莎》复制品。

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DNA折纸技术

这项研究的成果发表在12月7日出版的最新一期《自然》杂志上。DNA可能是最著名的编码生物遗传信息,但同时,分子也是一个优秀的化学建筑模块。单链DNA分子的碱基配对“规则”使得设计DNA折纸成为可能。

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长链与短链的组合生成图案

例如要制作一个正方形画面,只需要一长串的DNA和许多更短的单股捆绑在长链上的多个指定位置即可。一个大的DNA画布是由许多较小的方形折纸砖组装而成的,就像拼拼图。分子可以选择性地附着在钉状物上,以产生原子力显微镜可以看到的凸起图案。

640.webp (8).jpg电子显微镜下的DNA成像过程

DNA还有它的天然优势——比起别的纳米材料,细胞就是更愿意亲近DNA折纸。国家纳米科学与技术中心做过一项实验,用DNA折纸搭载阿霉素,杀伤乳腺癌细胞效果更好,连耐药癌细胞都吃这一套。

640.webp (6).jpg阿霉素会附着在DNA折纸上进入癌细胞

除了蒙娜丽莎,其实还做了大公鸡和细菌等等。

640.webp (9).jpg大公鸡的制作思路

说起来简单,做起来困难重重。为了让小折纸毫无误差地拼接上,研究者可能得设计上百种不同的边缘。这要花费巨大的时间与金钱。

那怎么解决这个问题呢?答案是分步拼接。整个大折纸是由8×8个小折纸组成的,那么我们可以先四个四个组起来,做出16个2×2的折纸,再继续四个四个组合。这样只需要设计几种边缘,重复使用就行了,工作量也大大减少了。

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分步拼接的思路

DNA纳米技术发展了十来年了,当然不可能只有DNA折纸一个拿得出手的技术。

就在2012年,哈佛Wyss研究所的尹鹏(Peng Yin)博士团队开发了一种单链DNA砖(SST)技术。在这种技术里,32个碱基长的单链DNA折叠成一块单独的DNA砖,每块砖能够和最多4个邻居相连,同年,他们又实现了利用DNA砖搭建三维结构。如果说DNA折纸技术是拼图,那么DNA砖技术就是乐高积木了。

640.webp (10).jpg尹鹏博士

理论上,比起DNA折纸需要一次次设计DNA序列,DNA砖只需要从设计好的诸多“砖块”里挑选合适的摞起来就行了,可谓是简单方便又快速。不过它能够实现的结构大小,和折纸也差不多,再往大了做,结构不稳产量还低。

今天的第二项研究就是尹鹏博士带来的DNA砖技术最新进展[12]。在初代版本里,一块DNA砖有4个部分(这就是为什么能和4个邻居相连),每个部分有8个核苷酸。在最新版里,每个部分的核苷酸数量上升到13个,总数达到了52个!新的DNA砖更大、结构也更复杂,复杂就意味着稳定,也更容易形成大的结构。

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DNA砖能够不断叠加

和钱博士一样,尹博士也选择利用智能软件Nanobricks来设计制作所需的砖块。利用这种方法,他们成功造出了由3.3万个砖块、170万个核苷酸组成的纳米结构。研究者还炫技地在其中留下了各种形状的空腔,足以显示这套系统能够设计非常复杂的结构。

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中间空腔是个泰迪熊

就算已经有了两种成熟的技术,科学家依旧不会在探索的路上停下脚步。

第三项研究是由德国慕尼黑理工大学Hendrik Dietz教授团队带来的。在DNA折纸和DNA砖技术的基础上,他们找到了一种新的构筑DNA纳米结构的方法。与前人一样,Dietz教授选择了“由小到大”组合的方式,不过他选择的基本元件形状有点奇怪,是个V字形,角度可以调整。

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Hendrik Dietz教授

以V的角为圆心,这样一圈排过去,我们就能够组成一个圆了。再以这个圆为基础,我们还能够组成圆柱(或空心圆筒)。几何学得好的朋友应该还能想到,利用这个V,我们还能够组成多面体。按照这个方法组成的圆环,直径有350nm,十二面体的直径则达到了450nm。

比起平面的DNA折纸,和四四方方的DNA砖,十二面体可以说是很”光滑“了。这个大小,这个形状,熟悉吗?好多细胞器可就是这样咯。能够对细胞内的工作系统一探究竟,可是很多科学家的梦想呢。

640.webp (14).jpgV组合成十二面体

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十二面体结构示意图

其实,从概念被提出来,DNA纳米结构变得越来越大、越来越复杂是个迟早的事。直到今天才获得突破,限制科学家的不光是技术,还有贫穷……

研究者说,1毫克200美刀。BioTalker说他合过DNA,当年2块钱一个碱基。这么算,尹博士的泰迪熊至少值三百四十万啊。从业的朋友可以留言报个市场价。

今天的最后一项研究终于把DNA合成的成本降下来了!这项研究也来自Hendrik Dietz教授团队。他们利用噬菌体生产长单链前体DNA,其中包含DNA折纸需要的长、短单链DNA,还有DNA切割酶。当长序列生产出来,就会被DNA切割酶切断,再自己组装成指定的形状。(DNA纳米技术可以在合适的条件下自组装)

把这个和DNA折纸以及DNA砖结合起来,就能实现大规模的生产应用了。更重要的是,合成DNA的成本从每毫克200美元降到了200美分,直接减少到了原来的百分之一!

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彩色部分为订书钉DNA,深蓝色为脚手架DNA,黑色为DNA切割酶

三篇研究带来了搭建DNA纳米结构的新方法,一篇研究降低了关键步骤的成本,感觉DNA纳米技术马上就要大展拳脚了啊!

从2006年,DNA折纸技术的发明拉开了研究的大幕,研究者已经在分子计算、生物以及医学等多个领域取得了成就。

利用DNA搭建搭载平台,封装各种分子,可以用于治疗、检测;DNA和蛋白质有密不可分的关系,利用这种特性,研究者也可以研究特定生物分子的相互作用;设计DNA纳米结构响应温度、pH、离子浓度等多种条件,则有了更多更广泛的应用; 甚至,DNA造出的空腔,还可以当作制备纳米元件的模具。还有会走路能“捡钱”的DNA机器人,DNA纳米马达什么的,黑科技说都说不完。目前这项研究也得到了美国国家科学基金会的大力支持。

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