应该是琥珀酸酐和羟基反应成酯，同时产生一个羧基，然后你再用BOP或DCC将羧基和氨基缩合成酰胺就好

楼主表述的不是很清楚，从字面上理解是小分子和蛋白质上的氨基直接连接，但是反应过程又是通过酸酐来反应，一边是酯，一边是酰胺。最好有反应式，让大家弄明白究竟是怎么回事。

琥珀酸酐、吡啶和小分子混在一起，室温过夜即可，也可以稍微加热。

你的琥珀酸酐貌似比要偶联的小分子多得多，没这必要，1.2当量琥珀酸酐和1当量的小分子就可以了。
第二天，往反应体系中加入20ml二氯甲烷，再用0.5mol/L的盐酸溶液酸化成Ph值1-2的样子，水层分出来不要，有机层再用少量盐酸洗2次，有机层无水硫酸钠干燥之后浓缩干，就可以直接用DCC或者EDC脱水跟蛋白质偶联了。
前提是你的跟琥珀酸酐反应的小分子最好不带有碱性氮原子。
这种修饰蛋白质的课题以前见过，没啥复杂的。