1. 目的峰的判断无疑是正确的，扩增结果也非常漂亮。在每一个主峰的前方有一个小峰，这个峰的片段大小正好比主峰小一个重复单位（本例中的重复单位为CAG）的长度，即3bp。也就是：276-3=273/282-3=279。这个小一个（有时甚至会出现少2~3个）重复单位的杂峰比主峰低，峰面积也小一些。这些杂峰称为影子峰（stutter peak），在凝胶电泳中则称为影子带/鬼影带（stutter band）。本例中276bp的主峰就分别产生了273bp和270bp等影子峰。影子峰的特点是，随着偏离的程度越大，峰高越矮。

2. 影子峰是由于Taq酶的滑动错配（polymerase slippage）造成的，这是Taq酶的特性（其它的DNA聚合酶也有这个问题），基本上难以通过优化扩增条件加以克服，只能通过经验来判断主峰和影子峰。以前有许多人进行过许多尝试，希望通过改变/优化扩增条件、buffer的配方，以及聚合酶种类的选择等克服影子峰的问题，但总体而言，都不太靠谱。据说网上有一些软件可以帮助判断主峰和影子峰，但对于3碱基重复单元的STR而言，由于影子峰同主峰的峰高差别非常明显，因此很容易通过肉眼就直观地作出判断。

3. 影子峰同主峰（true peak）的峰高/峰面积有比例关系，你可多考察几个实例，求出比例关系即可排除stutter peak对true peak的干扰。