今天找到以前做这方面的笔记，是我3年前用IPP软件分析免疫荧光双标/三标的操作过程，不过间隔时间太久了，毕业后就一直没用过这个软件，所以自己的操作看上去都很生疏，如有感兴趣的占有，可以按照这个操作，对着软件再去摸索一下，估计很快就会上手，也希望自己贡献的这点材料，对有需要的战友有帮助。
操作过程：
1:打开原始图，在SET navigator 中点extract，分出第一张图（green），选中green的图，在edit convert to gray 8(因为有些处理只认识8位)，save为green extract and convert to gray 8。同样在set navigator中改参数为start2 ，current2 ,点extract，分离出第二张图（red），在edit convert to gray 8。save为red extract and convert to gray 82：打开green extract and convert to gray 8，点process 中filter的对话框中选 median3*3（ 取平均），apply，save为 green filter median 3*3，对红图做同样处理。3：在morpholigical中选tophat，下面有3*3，5*5，和7*7，选中任何一个，点右上角的图可以看原图和处理后的图的差别，选一个合适的，我选5*5， apply。Save green tophat5*5。对红图做同样处理。4，打开green tophat5*5，点measure，点count size，对话框中选manual，点select range，自动出现一个range，若为0-49 ，则我们该为49-255。因为我们要的是亮的点。选好后点close回到count size的对话框，点option选4-connect（一种算法，两个图象有一点相连算两个图象，而8-connect指两个图象有一点相连算两个图象）fill hole（中间荧光的亮度比边上低的图象也算一个）。点count，在measure，select measurement中选area。点count，在measure中选auto-classification， max classes 2， 点ok，在classificaiton的view中选mean SD。这样我们就把area的下限定在小的那群的mean area+3SD（即排除小的那群），若小的那群mean area+3SD> 大的那群的mean，可以直接去小的那群的mean当area的下限。点delete去除之前的count，在measure中选select measurement点area，用刚才的计算好的下限重新count。选count/size，image中make mask，在edit中选watershed split。Save 为04 green (count_size_49_255_area_0.0966_watershed)，对红图做同样处理。5，打开04green，和green filter median 3*3，在process中选operation，选and，image。这样得到原始图density的数值。在count size中同四处理，在count size的时候不要选measure objects，选了有时不显示count的数值只是这次一density为指标做筛选。Save 为06green(count_size_average_density_75), 对红图做同样处理6,打开处理后的两张图，process中选择color composition,与原图比较，看处理的对不对。7，打开处理后的两张图，在process中选者restricted dilation ,seed image 选06 green (count_size_average_density_75).tif，mask image 选06 red (count_size_average_density_72).tif Interation 选255(只要部分共定位，通过反复的覆盖，全选中)，4-connect。Mask threshold 没关系。 restricted dilation是指red 中与种子一样的选中，即共定位的点。8 用count的方法数出共定位的点。分别数红色和绿色的点，可以算ratio9 AOI可以选一个图像的一部份作分析