该基因的snp位点很多的话，你可以进行筛选，提供一个参考步骤：

1 进入NCBI的snp数据库（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=Snp）或者http://snp.wustl.edu/index.html这个网站，输入你的基因，找出频率>5%的多态性位点，文献上一般都是研究大于这个频率的snp。同时，注意选择人种，因为不同的人种各snp的频率是不同的。

2 如果还是非常多的话，你可以去hapmap页面（http://www.hapmap.org/index.html.en）在这里你可以找到Tagging snp。这样就会减少很多的snp位点，并且起到同样的研究效果，具体原因请参考Tagging snp的相关介绍。

3 另外，你可以去下载一个叫做Haploview的软件，这个软件是国际上普遍认可的一个软件，可以说是做这方面分析必备的。

通过这几个步骤，相信你可以快速的找到你需要的snp位点，通过Tagging snp还可以大大简化你的工作量。祝你好运！

顺便问一下，你做的是什么基因？在什么疾病里面研究呢？