最近做DGGE同批样本总是跑出同样的条带，是污染了吗？

最近做DGGE，做了两三批样本。每次做，同批样本总是跑出同样的条带（一模一样）。根据我收集的资料，这几个样本的条带应该是有不同的（出现特异性条带）。大家看一下，什么原因会导致这种情况啊？

我初步的分析是：1.污染（但我真怀疑每次污染都一模一样，太巧了）

2.可能每个条带代表多种细菌，将条带回收测序结果可能包含自己想要的特异性细菌。

大家怎么认为，帮我分析一下原因吧。多谢！

基因工程

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编辑于2017-10-25 13:56:08

3个回答

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如果排除样本降解的原因，你在提取样本DNA后来扩增16sRNA指纹序列的时候是否引物加错？或者引物设计有问题，感觉出现这种情况是扩增了非特异性片段而不是特异性片段。

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2025-04-08 03:16:29

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建议拿两种不同的且单一的菌做对照。如果这两个对照跑出来也是一样的条带，那说明你根本没扩增出东西，只是一些非特异性的引物二聚体而已。每个条带大小一样，是有可能里面目的片段不一样的，

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2025-04-08 04:30:13

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你们的样品差异大吗？如果差异不大的话，应该是你的DNA的问题了。

我自己没有做过细菌。我们实验室做细菌都是用低压跑通宵的，跑慢一点条带会好一些。另外除了DGGE装置自带的搅拌棒，可以自己加磁力搅拌子，这样温度会更均匀，条带不会歪的太厉害。

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2025-04-08 04:58:07