流式可以阿，有人用阿。
但是好像有人说，流式要比magnetic bead还贵。至少你要有一台可分选FCM吧。    

流式和磁珠都可以用于CSCs的分选，文献里两种方法也都有用到，这点不用怀疑。

原来曾经整理过两种方法的特点，也许对大家选择分选方法有所帮助：
流式分选：
1，少量细胞分选时比磁珠精确得多，速度也快；
2，可以多个marker分选、正选负选同时进行，而免疫磁珠一般只能进行阳选或阴选，marker往往同时只能做一个（或一类）；
3，抗体可以用荧光直接标的，也可用间标的（最好厂家标明可以用于流式），选择余地大。但是磁式所用抗体（如miltenyi biotec的CD133标记磁珠）往往需要和磁珠配套，选择余地小。不过比如dynal和BD公司有那种磁珠包被在抗鼠羊IgG上或者streptavidin上，可以间接标记，只是不知道效果如何。
4，成本方面。流式试剂方面成本较低（排除分选仪器因素）。因为流式只需要购买荧光一抗；而磁式除了要购买相应的磁式抗体分选，还需要另外购买荧光抗体用流式的方法进行磁式分离效率的检测；分选仪器方面不好说，因为各地的服务价格不同（我们这里流式分选开机价格是2000元，毕竟流式分选仪需要管道消毒清洗等等程序，耗时也较长）。
磁式分选：
1，适合大批量的细胞分选，流式分选速度相对而言要慢很多；
2，稳定性高，重复性强，而流式由于机器运行时间长会导致参数漂移故而实际获取得靶细胞阳性率会大大下降；
3，无须大型设备，普遍适合大多数实验室的细胞分选工作；
4，操作简单，无须专门的设备操作人员（流式操作需要一定的经验，特别是CSCs这种小事件，Rare-events analyze可是一门技术）。
5，细胞损耗方面比流式小。流式如果上大量的细胞，调整到合适的分选速度，往往需要分选数小时，所以对细胞活力还是个考验。
6，纯度方面。我询问过流式分选方面的老师，如果纯度在5%以下，流式分选纯度就不好保证，只能达到80%左右，也许还需要进行二次分选。当然这和流式分选仪性能和分选人员的熟练程度都有关。磁式如果像上面的战友所说，纯度5%以下也效果不好的话，两种方法分离纯度应该相当。
一点看法，大家可以根据自己的实际情况选用相应的分选方案。
另外，分选只是手段不是目的，不管用什么方法，分选出来的细胞经过体内成瘤性验证，不同群体如果有显著差别，也就达到分选的目的了。突破性的工作在寻找新标记或者分选后的功能鉴定等等，祝大家好运......    

提到分选，我想再拓展一下。现在无论是流式分选，还是磁珠分选，都是基于表面marker的。即，正常细胞分为干细胞与分化的非干细胞，与非干细胞相比，正常干细胞有些表面marker，诸如CD44，CD166等，但是注意，这些表面marker与干细胞的功能并未有直接的联系。那么在肿瘤研究中，把肿瘤组织中的细胞分为肿瘤肝细胞与肿瘤非干细胞，基于对正常干细胞的研究结果，应用其marker来分选肿瘤细胞，发现少数成瘤能力强，有抗药性等性质跃的细胞作为肿瘤干细胞。虽然现在这方面已有很多文章发表在高水平的杂志上，但是有个根本性的问题，使用这些表面marker的科学根据何在？毕竟，所有已有的研究并未表明这些marker和CSC的生物功能间有什么必然的联系，这让我想起相面——这个封建迷信活动。因此，就我个人来说，我对这种表面marker筛选CSC的方法并不是十分赞同，除非现有的marker是CSC功能不可缺少的因子。

流式分选要保证无菌其实也并不是很麻烦，因为很多地方的仪器是专门作分选的，可以基本保证无菌，当然你要自己注意，适当的加抗生素。
磁珠分选并不受配套抗体的限制。有的抗体是由磁珠直接标记好的，即用的。如果你要做的抗体没有现成标记的也一样有办法。有anti-PE,anti-FITC,APC的磁珠，完全可以解决这个问题。当然，抗原还是受限于膜表面的。
磁珠分选并非因为阳性细胞比例小就受限制，当然比例太小得到的目的细胞会很少，但是流式做出来也是一样的呀 ！CD133的比例很低，文献报道1%左右的都用的是磁珠。
磁珠分选后的检测问题，关于抗原表位被占据不能进行流式检测？不是的。大多数公司的抗体都是有针对不同抗原表位的产品的，有不同的克隆号，你的磁珠抗体和检测抗体只要是针对不同表位的就行了。仔细看文献上，都是这么做的。