用RT的方法根本行不通。首先不说RNA水平有没有明显变化，单RT来说现在大家也不太接受它的可信度，可以说你想作出什么结果都可以。其次，MAPK途径是通过一系列的磷酸化来调节下游基因表达。p38, JNK, ERK在细胞中的表达总量一般变化不大，但并不是这些蛋白都有活性。只有当MEK1,MEKK1等上游激酶把他们磷酸化以后，磷酸化的p38,JNK,ERK才有活性调节下游基因。如果你用RT或者Northern检查RNA水平的表达，那么一般不会有变化，即使你用普通的抗体检测上述3个基因的表达都不会有什么变化，只有用他们的磷酸化抗体检测才能看到他们的变化。很多文章里面都会用普通抗体证明蛋白水平的表达没有变化，然后用磷酸化抗体证明他们的活性变化。不过抗体比较贵，看看你们老板是不是有足够的米米了。

我劝你还是好好看看怎么用Western blot的方法来检测p38吧，最好选用Sigma公司的，因为我也是做p38的。开始的时候，想法和你一样，一直想用RT-PCR的方法，因为我当时跟我师兄学的就是这个，所以不想改了，但是经过查阅大量的资料发现基本上都是用的Western blot，当然也有免疫沉淀等其他的方法，那些都是少数，最多的还是用的Western。不用妄想着做RT了，光是设计引物这一条就够受的，现在的好多公司设计的都不可靠，一些老师自己会设计，但是不敢保证起可靠性。我的一个同学当时设计引物时专门请的人帮忙，最后目的基因也出来了，跑胶的时候位置也是在那个位置，但是最后经过测序后发现根本就不是！我经过这件事就下定了决心：拿不准注意的就用已经成熟的方法！话可能有点难听，但是希望你及早定下决心

我感觉，研究信号通路的分子，观察其活性状态的改变很重要，普通的PCR可能难以做到，通常这些分子的改变主要体现在磷酸化和去磷酸化之间的转化，真正表达水平的改变比较少，太耗时了。

最近读了很多文献，均未发现有使用RT－PCR的方法怎么检测p38，JNK，ERK通路的报道。常使用的方法有：免疫沉淀法；Western Blot；ELISA等方法。还有一些和大家一起学习！

当然可以,你需要先设计引物,专门有设计软件,如primer5,DNA man,第一步,提取RNA,然后合成cDNA,最后PCR。你也可以查文献，用别人用过的引物，这样可靠。RT-PCR要注意RNA酶，RNA很容易降解，不过合成cDNA后，就安全了。如果要定量，最好选一个内参照。

 总p38，JNK，ERK水平在细胞内不会有什么明显的改变 只有磷酸化的p38，JNK，ERK水平才是有活性并起重要作用 对这些蛋白的研究必然要检测其磷酸化水平 可以有免疫组化和western blot 我看RT-PCR检测在这方面没有太大的用处

目前对信号传导没有单一的确证性方法。mRNA水平的变化可以作为转录水平调控下游目的基因的参考，当然观察转录水平的调控还有其他的方法，如报告基因。对蛋白水平的变化也不要过分迷信，蛋白水平的变化有可能只是此种蛋白的风度高，提取的效率更高，在提取物中更稳定，或者更适用于免疫印迹的实验条件。即便蛋白水平有变化，也无法直接说明就存在因果联系。

RNA和蛋白质的量是不平行的，有很大差异。建议你还是用电泳吧！不麻烦，细心点就是了。