目前普遍认为反义核酸可以在复制、转录、表达3 个水平上发挥作用。其机制为: (1) 在细胞核内以碱基配对原理与基因组DNA 结合,从复制与转录水平发挥反义阻止作用,这种反义技术称为“反基因治疗”(Anti-genetherapy) ; (2) 与mRNA 的5’末端的SD(Shine-Dalgarno) 序列或核糖体结合位点结合,阻碍核糖体的结合,从而阻碍翻译,或使反义RNA 与mRNA 形成双链,以被水解酶水解; (3) 与mRNA 的SD 序列上游的非编码区结合,改变mRNA 的二级结构,从而阻碍核糖体的结合; (4) 与mRNA 的5’末端编码区(主要是起始密码AUG) 结合,阻止RNA 的翻译; (5) 与引物结合,从而在复制水平上阻止基因表达;（6）结合到前体RNA的外显子和内含子的连接区,阻止其剪切成熟; (7) 作用于mRNA 的poly A 形成位点, 阻止成熟和转运; （8） 作用于mRNA 的5’末端,阻止帽子结构的形成;
外源dsRNA 进入细胞后产生的小分子干扰RNA（small interfering RNA, siRNA）的反义链和多种核酸酶形成了沉默复合物(RNA-induced silencing complex，RISC)，RISC具有结合和切割mRNA的作用而介导RNA干扰的过程。RNAi更流行，效果可能更好一些至于效率，两者应该差不多

ASO和siRNA均是ＲNA干扰技术，是沉默lncＲNA手段。因为不同lncＲNA在细胞中定位不同，所以两者的干扰效率不同，这就要求针对不同的lncＲNA，慎重选择ＲNA 干扰手段。针对细胞质中的lncＲNA 分子，siＲNA可以取得较好的干扰效率，对一些核内的分子也有不同的干扰作用; 而反义寡核苷酸( antisense oligonucleotides，ASOs) 是一种ＲNA/DNA 混合寡核苷酸，可以特异性结合lncＲNA 并招募ＲNA 酶H进行切割，因而对不同细胞定位的lncＲNA 均具有较高的干扰效率。