GFP-LC3转染细胞很常用，但也有缺点比如存在GFP-LC3作为外源的东西也有可能本身就激活自噬造成假阳性，所以要Western blot，电子投射电镜等方法一起结合说自噬诱导。当然你不用外源GFP-LC3瞬时转染也可以自己筛GFP-LC3稳转的细胞。免疫荧光检测内源性LC3变化当然更好。个人理解，仅供参考。

转染GFP-LC3，免疫荧光直接检测LC3的话，是总的LC3吧？也就是说LC3-II和LC3-I都有，并不能说明LC3-II表达多吧？而转染GFP-LC3应该是直接定位于自噬体膜了，也就是能检测LC3-II。

LC3II免疫荧光是可行的，也有一些文献在做。相比于GFP-LC3稳定株或者病毒感染（当然瞬转的不评价）有一定鉴定优势，但是不能体现一种自噬流聚集的直观过程感受，不知道你能不能理解。

免疫荧光染的是会同时染LC3I 和II 的，这种方法也没问题，在正常细胞和受刺激的细包中都会有LC3的光点，二者的区别是受刺激的成团块状，正常的呈散点状。。。在一些可能会影响LC3的翻译的条件下，可能受刺激的细胞表现为光点也会变多，这个好理解。。。而在自噬基础水平比较低的状态，给了刺激可能也看不出太大区别时可以考虑转染，相当于给个放大镜，放大这一过程。