呵呵，这个得慢慢来啊，. sequence analysis是最基本的，所以homolog总是可以找到的。很多都有已知的DNA binding motif，可能有已知的binding sequence，然后就搜human genome database，找可能的targets，然后想办法verify。2. 功能性研究也是可以的。比如是影响代谢？影响细胞凋亡？还是啥的。大致方向知道了，就可以就某条pathway中测试。3. RNA microarray过去是常规的找TF的targets的方法，但是事实证明这很依赖于实验设计，可能一无所获，可能被误导，当然也可能一下就有很好的发现。多少也有点运气吧：）也值得试试看。
4. 如果一点线索都没有，TF只能做ChIP on chip，吼吼。不过呢这个方法不错，可是技术复杂，变数较多。只能碰运气。5. 直接Co-IP也是可以的啊。如果发现什么binding partner是已知的，就有大致方向了。不过这个完全看运气：）祝你好运吧:)

你这个情况跟TF不同，TF主要偏molecular biology的方法。而adaptor这种主要方法都偏biochemistry一些。1. 比如二楼说的co-IP，或者co-IP之后加mass spec。biochem的方法。2. co-localization啥的。3. 老鼠或者人的不同tissue的expression确定是否一起表达等等。4. 找partner和work out pathway还不太一样。如果要找上下游基因，可以knockdown以后互相rescue，可以确定上下游关系。
可以做的工作还是很多的。但是关键还是你研究的是什么，有什么特点，研究目标是什么哈。实验设计要统筹规划哈。

基本上一些已知的domains都有确定的功能。比如DNA binding domain，kinase domain，protein-protein interaction domain啥的很多都知道。否则完全靠IP有点太盲目，就彻底拼运气了。比如你没有找到DNA binding domain，那就不要做ChIP，没有意义哈。再比如，你做sequence analysis可以找到最近的homolog，那在哪个pathway里面应该大致有数了。做些siRNA knockdown，然后rescue啥的，就可以大致定位这个B在这个pathway里面的位置了。因此哈，咱现在研究蛋白基本全部从sequence analysis开始，研究结构，然后再研究功能。这个基本程序已经很成熟了哈。