2025-03-11 14:40:33

这几组microrna有什么区别?

hsa-miR-625 和hsa-miR-625*
hsa-mir-532-5p 和hsa-miR-532-3p
hsa-mir-34a 和 hsa-mir-34b  (同源??)
hsa-let-7a-2 和 hsa-let-7a-1  (分布不同??)
晕了,赐教啊


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细胞生物学×

4个回答

hsa-miR-625 和hsa-miR-625*
这2个第一个你应该清楚吧,hsa-miR-625*表示和前面那个互补的miRNA,于是就用了一个*号标记。hsa-mir-532-5p 和hsa-miR-532-3p
其实和上面也没有太大的差别,hsa-mir-532-5p就是在茎环结构的5‘端,而hsa-miR-532-3p是在茎环结构的3‘端,并且他们是互补的。且是同一基因转录出来的。
hsa-mir-34a 和 hsa-mir-34b These names have been remapped to miR-34c (MI0000403 ), miR-34b (MI0000404 ) and miR-34a (MI0000584 ) to clarify homology with human sequences. hsa-let-7a-2 和 hsa-let-7a-1  (分布不同??)其实这2个就是他们的前体不一样,而最后成熟体一致的,都是hsa-let-7a。


2025-03-11 14:40:53

对于你的这个问题,其实我也是一直存在这种想法的,就是没有去探究而已,经你这样一说,我又看了一下mirbase数据库,感觉他们的确没有什么差异的,记得第一次看见hsa-miR-625*这样标记的是在plosone杂志上,上面说了是hsa-miR-625的互补序列。但是在用到像hsa-mir-532-5p 和hsa-miR-532-3p标记时,是实验室的一个同学构建miRNA表达质粒上遇到的,所以也就略知一二。但是他们之间到底有什么差异,我看了一些,没有找到,因为好像有的是用的hsa-miR-625 和hsa-miR-625*,而另外一些是用的hsa-mir-532-5p 和hsa-miR-532-3p,而在一些文献上没有特别的说明,比如现在mirbase数据库上的hsa-miR-17用的是hsa-miR-17和hsa-miR-17*,但是在一篇最新(09.5.4)的gene development上一篇文章(The miR-200 family determines the epithelial phenotype of cancer cells by targeting the E-cadherin repressors ZEB1 and ZEB2)中用到的是hsa-miR-17-3p,呵呵,这个到底有没有差异我想应该是没有的。应该最后会统一的吧,或者说他们真正的有差别,但是我不知道,呵呵。希望有知道一起分享一下。但是现在比较流行用hsa-mir-532-5p 和hsa-miR-532-3p,可能这也是最后的版本吧。


2025-03-11 14:41:18

hsa-miR-625 和hsa-miR-625*hsa-mir-532-5p 和hsa-miR-532-3p
对于这个,我的认识是在pre-mirna被Dicer加工成两个短链之后,一般来说,其中的一条被认为是成熟的miRNA序列,而另外一条被认为是*序列。miRBase里面的MATURE SEQUENCE只有非星号的序列。在我看过的很多paper里面,基本只考虑这个成熟序列。至于为什么,我也一直没有明白:(对于用3p和5p标注的,似乎是两条都被认为是有效的mature sequence,miRBase里面都列为MATURE SEQUENCE。

hsa-mir-34a 和 hsa-mir-34b  (同源??)
hsa-let-7a-2 和 hsa-let-7a-1  (分布不同??)
这个zhujoker 解释了,但是更一般意义上说呢? 就我的一点经验来看,-1,-2,-3后缀的成熟序列往往是一样的,但是a,b,c这样后缀的,我一直不清楚什么关系。比如mmu-miR-208a和mmu-miR-208b的mature sequence就略微不一样。我的体会是,可能-1,-2,-3是指pre-mirna序列不同,但是mature序列一致;而a,b,c后缀指几个mature序列很相近的miRNA(而且很可能它们的seed序列一致,所以才能算成一个miRNA)至于as后缀,我还没在实际中见过。


2025-03-11 14:41:39

It refers to the arm the mature sequence comes from. In the beginning people used the miR and miR* notation for guiding (functional) mature miRNA (miR) and passenger (non-functional) mature miRNA (miR*). But then it was realized, that both arms can be functional, or they can share the function by switching between the 'left' and the 'right' arm, known as 'microRNA arm-switching'. That can happen between different tissues. In one tissue, the 'left' mature is expressed (-5p) and in another the 'right' one (-3p). miR and miR* would be confusing, since both are functional, but you cannot call both miR*, so researchers changed the notation to -5p and -3p.


2025-03-11 14:42:02

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