1. 这种转录水平的变化是否稳定而可靠？换言之，你是否在多个细胞系里做过表达及敲减都能做出一致的结果？2. 如果你在做癌症相关，建议去oncomine或cbioportal建立在癌症样本中两者的相关性3. 建议搜索GEO网站查找该转录因子相关芯片或RNA-seq或Chip-seq数据，观察是否有你的靶基因X4. 建议利用较专业的网站如genomatix来进行启动子分析（可免费适用一周，后续需付费，总共要约1000RMB/月）5. 如该转录因子在Millipore有相关CHIP试剂盒，建议直接购买试剂盒

别想那么远，先干扰或者过表达 看看下游蛋白水平

同意楼上观点，应先证明敲降或者过表达该转录因子后能看到靶基因有变化！

要排除A蛋白不是转录因子，但是确可以调控B的转录水平（mRNA表达量变化）。

1. 查文献，了解A蛋白功能，调控B的转录水平（mRNA表达量变化），可能A是一个转录后修饰蛋白，稳定或延长B mRNA的半衰期。这个时候需要加入Actomycin D试剂实验。

2. 确定A招募转录因子或者组蛋白修饰调控B转录，一般也是需要查文献，没有文献报道A是转录因子，

   2.1. A招募转录因子，大海捞针的就只有IP拉下与A项目作用蛋白，质谱后确定候选蛋白，实验验证。

   2.2. OE/KD A后，分析B启动子或TSS附近区域的组蛋白修饰（RNAPol II 2/5位磷酸化，H3K4或H3K27 或组蛋白乙酰化修饰）2

3. 要彻底排除A不是转录因子，直接结合B启动子。也许只有chip-seq。用anti-A抗体拖下相互作用DNA，测序，发现没有B启动子或TSS区域的序列（这个实验应该能排除。）