我不是搞糖化学的，只能揣测一下。D-氨基葡萄糖和N-乙酰基-D-氨基葡萄糖的酸碱性是不同的，所以其细胞功能肯定有所区别，进出细胞的机理可能不同。据我所知，N-乙酰基-D-氨基葡萄糖这种酰胺比较稳定，在细胞中（如果没有酶参与）是不会被水解掉的。自由氨基也容易被氧化，而酰胺几乎不能在细胞中被氧化。另外，氨基葡萄糖不容易结晶，但是制成HCl或者H2SO4盐后，就容易结晶了（通过熔点可以测纯度），而且更加稳定（抗空气氧化而言），所以市售的是盐的形态。这种盐，被等量强碱中和后，在合成化学上可以作为自由氨基葡萄糖使用。

D-氨基葡萄糖，是一种非常罕见的单糖，在人等哺乳动物细胞一般不怎么出现，据我了解，仅知道在GPI-anchor蛋白中有利用，与此相对，N-乙酰基-D-氨基葡萄糖在细胞中被广泛用于糖蛋白，糖脂的糖链合成，因此，从细胞利用的角度上，可能会对细胞产生不同的影响。

氨基葡萄糖盐酸盐，从上文看出，是聚合物也是混合物，分子量变化可能很大（因为不是单一分子）。从药代来看，混合物中不同分子的水解速度速度可能不同，从而人体利用度也一定不同，当然，有效性因人而异。D-N-乙酰氨基葡萄糖是纯净物，单一分子，当然分子量小了，药代应该很清楚，很干净。