你用的类似于FRET原理吧，你可以用这个关键词去google看看。你的操作应该用蓝光激发看到红色就是阳性。

我觉得你可以转染后固定，看看这两个蛋白是不是共定位，共定位说明在空间上有可能会产生相互作用，共振能量转移好像是说明直接相互作用的，这个可以等确认了共定位，Co-IP证明可以相互作用再做。当然前两项已经差不多了 我觉得。个人意见。

你说的这个方法，A-GFP和B-RFP共转染后观察AB的相互作用是不科学的，因为即使是红绿merge后表现为黄色，也只能说明AB的共定位，不能说明两者的直接作用，这并不是FRET。

使用FRET观察AB的直接相互作用是可以的，但是要使用特殊的荧光质粒，可以查查，文献有很多的

1.Co-IP 互拉（内外源） ；2.共聚焦定位；3.Pull down；只要3种都做了（CNS文章基本是这流程），就可以证明互作