我们平时用来做IP的一般都是专一性较强的抗体，一般只针对某一种抗原，沉淀下来的就是含有这种抗原蛋白的复合物。

你的疑问主要出在对免疫沉淀和免疫共沉淀的理解上，免疫共沉淀的目的是检测蛋白质的相互作用。我们来看看你举的例子：IP用FAK， IB用FAK or pFAK：这是个免疫沉淀的例子。这里IB检测的pFAK是IP沉淀的FAK的一部分，IP的目的是提纯总FAK，IB的目的是检测其中的pFAK。这个实验的目的仅仅是增加蛋白的丰度；试想，如果目的蛋白丰度很高，我们可以忽略这一步而直接提取总蛋白做western-blot。然而免疫共沉淀的目的则不同，它不是为了提纯蛋白，而是为了检测蛋白的相互作用。假设我们怀疑蛋白A和B在细胞中有相互作用，即形成复合物，那么我们就可以用A的抗体来做IP，然后用B的抗体来IB检测，如果检测到蛋白B，那么就可以证明A-B复合物的存在。这里沉淀下来的是两种或多种蛋白，因此叫免疫共沉淀。你所举的例子：
IP：PY20, IB：FAK or pFAK——验证PY20和FAK、pFAK是否有相互作用；
IP：P85, IB：FAK or pFAK——验证P85和FAK、pFAK是否有相互作用。
关于你的最后一个问题：IP: P85 IB: FAK 与IP ：FAK IB : P85结果是否有区别？
这两种方法都是为了证明p85和FAK的相互作用，因此理论上是没有区别的。然而，在实践中我们往往会考虑一些实际的因素。由于做IP所用的抗体浓度远远高于IB的抗体浓度，因此，我们一般将抗体较廉价的那个蛋白做IP，较贵的做IB。