你染的是PI和FITC，一定要选FL1和FL2，不关FL3通道的事，调补偿这个事说起来挺费劲，你单染了PI和AnnexinV以及都不染色的双阴性管了没有，你通过双阴性管来确定十字门的位置，然后通过单染的PI和AnnexinV来调补偿，一般PI的FL2通道是不同调的，因为PI太强烈了，你只需要调节FL1通道就好了，我一般就是这样

 C6是不是，你这个横坐标和纵坐标选项不对，你染的FITC标的AnnexinV是吧，那就把横坐标改为FL1-A，纵坐标改为FL2-A，FITC是1通道，PI是2通道，然后必须单染AnnexinV和PI，以及阴性对照，来确定十字门和调补偿，C6的FL2和FL1通道间的补偿要调，大概就是这样，还有你的分析图要gate 基础图里面的门啊，不gate的话，你的收集图里面的门就没有意义了，好的，我就知道这些

看看不同流式细胞仪可能用到滤镜不同，BD的FL-1 515-545 nm，FITC EP 520 nm；FL-2 560-600 nm，FL-3 670LP，PI EP 620 nm。所以如果是BD的流式仪，用FL-3测PI好一点。
另外从你的FSC和SSC图来看，你的细胞死亡得太多了，占70%以上，用这样的实验来研究凋亡其实是不合适的，通常死亡细胞要控制在10%以内，否则会被人argue，你无法说明你的实验条件是促细胞死亡还是凋亡。

1.收细胞的时候有没有把所有细胞都收了
2.染料是否失效
3.圈门的时候会不会把死细胞都排除在外了