1 、溶解性是使用多肽时比较重要的问题。每个氨基酸都有其固有化学特性。如亮氨酸Leu、异亮氨酸Ile、颉氨酸Val是疏水性的，其他氨基酸如赖氨酸Lys、组氨酸His、精氨酸Arg是亲水性的。因此不同的多肽因其组成不同而具有不同的溶解性。
（备注:在多肽溶解之前，建议先用少量肽来试验最适溶解方法，只有当多肽完全溶解后，才能加入水或缓冲液将之稀释至最终浓度）
2、一般情况下，多肽首先选择溶解在灭菌的蒸馏水或去离子水中。如果这个肽是不溶于水的，且其是酸性的，加入温和的碱如0.1%的NH4OH能够增加肽的溶解度。相反，对于碱性的肽，温和的酸如0.1%的醋酸或TFA（三氟乙酸）能够帮助多肽溶解。
3、在一些情况下，某些肽具有很高的疏水性时，不易溶解，可以用少量的DMF或DMSO帮助其溶解，这时推荐将多肽溶解于高浓度，然后用水或缓冲液将其稀释到正常的工作浓度。因为盐会导致疏水性多肽的聚合，所以必须在多肽完全溶解后加入缓冲液进一步稀释。当遇到这种情况时，注意以下几点说明：
（1）DMF或DMSO的使用有助于多肽的溶解，这是通过破坏多肽的二级结构而助溶。
（2）这种试剂的使用可能会对其生物活性及后续的研究工作造成干扰，请在溶解考虑到这个问题。
4.对于一些在弱酸、弱碱及有机溶剂中均不能很好溶解的多肽，可以尝试超声波处理，超声有助于打碎颗粒增加肽在水中的溶解度。但在使用超声处理请注意: 超声会引起溶液发热从而造成多肽降解，所以必须在冰上操作！
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