你贴出来的这个protocol似乎还少了关键的两步，
1）与抗体孵育，让抗体和目的蛋白+DNA结合；
2）加入氯化钠在65度水浴解交联，释放出DNA。
从你的问题来看，你这次的实验可能只是一个预实验，用来摸索sonication的条件，所以上述步骤1可以省略，但是步骤2应该不能少，蛋白质和DNA交联在一起是否可以直接酚氯仿提取DNA，我没有经验，建议你再取一些sample，先解交联，然后再蛋白酶K消化提取DNA试试，只要你的10cm dish 细胞数能达到300万，理论上应该能在DNA胶上看到很亮的带。另外，我注意到你先用10ml lysis buffer，然后离心取沉淀，再用1ml lysis buffer，最后只取了20ul 来提DNA，可能确实量少了点，为什么不能多点呢？100ul如何？另外，建议你参考Upstate公司ChIP试剂盒的protocol来做，不一定要买他的kit，因为kit里面的各种buffer都可以自己配制，这个protocol似乎在文献中应用的更普遍。
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