先找找水母的近亲,腔肠动物水螅海葵啥的。NCBI上海葵的线粒体基因组应该有吧,对照它的线粒体序列,找下D-LOOP两端的序列,建议多找几个水母的亲戚,比对下他们D-LOOP两端的序列,找个保守的序列。鱼类的跟水母亲缘关系太远了,估计不好使。
查了下下面这个物种 Haemonchus contortus 那个AT-Rich应该就是D-LOOP了吧,前端是="tRNA-Ala",后面是="tRNA-Pro" 建议多找几个水母的亲戚,比对下他们D-LOOP两端的序列,找个保守的序列。
不过要说明AT-Rich,测序的时候困难很大啊。(NCBI里搜索Metazoa mitochondrion genome.)
LOCUS EU346694 14055 bp DNA circular INV 27-FEB-2008
DEFINITION Haemonchus contortus mitochondrion, complete genome.
tRNA 5500..5556
/product="tRNA-Ala"
misc_feature 5557..6133
/note="AT-rich region"
tRNA 6134..6189
/product="tRNA-Pro"
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