慢病毒包装转染，应该是整合到基因组的。稳定表达。
而质粒，培养几代后，可能就丢失了。并且有时候会发生耐受。
这个就是本质区别。质粒毕竟是外来物。放在细菌里还好，放在细胞里，不稳定的。

慢病毒有点一劳永逸，质粒的话 效果维持时间短 需要评价转染效率

其实本质上区别不大，转染质粒照样会整合到染色体上，筛选出的stable cell就是质粒整合到染色体上的细胞。病毒分为逆转录病毒和腺病毒，前者会整合到染色体上，后者不会。病毒感染和质粒转染其实都是细胞转化的方法之一，只是前者效率很高，即使是普通转染效率很低的细胞，其感染效率也能达到90%以上；后者效率相对较低，只适合转染一些比较好转染的细胞。当然，前者更麻烦一些。

时间方面：质粒快，快很多， 本人当年做的是6个点突变，做慢病毒做得要吐了，后来用质粒转染很快，很快就出结果了，只是质粒转染存在一个转染效率的评价问题，就是结果分析的时候，你怎么证明这些突变和野生型的转染效率是相当的。这个建议用荧光蛋白吧