你好，对于你的问题我可以解答一部分
1.凋亡细胞就是LR+UR，LR代表早期凋亡，UR代表晚期凋亡的细胞，LL是活细胞，UL是坏死损伤的细胞。4. TUNEL确实主观性很大，不过如果实验组和对照组凋亡率差别很大的话可以用作定性的一个比较。我之前也是做凋亡，我还做了一个caspase-3的western，个人理解TUNNEL到ANEXIN V/PI再到caspase-3是一个由定性到定量再到机制逐渐深入的过程。当然其他的一些凋亡相关蛋白比如Bax和Bcl-2也可以酌情选择测量。
只能回答这么多，希望对你有帮助。

ANEXIN V/PI是活细胞染色，最理想的是用于悬浮细胞的染色，对于贴壁培养的细胞用这种方法检测其实是存在很大操作误差的，但又是无法避免的事实。如果你对研究很认真的话，用这种方法检测确实不是理想中的那么优美，个人对这种方法做了很久，对其中的艰难深有体会。ANEXIN V/PI检测贴壁细胞最关键的环节是胰酶消化处理的过程，该环节做的不好，就会大大增加实验的假阳性，也会使早期凋亡细胞转变为晚期凋亡细胞。另外，用这种方法检测，一定要严格控制细胞染色到上机检测的时间间隔，否则也会增加假阳性结果。总之，用这种方法，要做到好而精确，确实不容易！个人建议，检测凋亡，为了使结果客观，还是结合多种方法比较好，不要过度依赖某一方法的检测结果，最好是几种方法的综合分析可靠。