普通的X射线衍射只能构筑化合物的相对构型，不能区分对映体。因此，如果该化合物只有一个手性中心，或者有多个手性中心但是绝对构型均属未知，则不能仅仅通过单晶确定绝对构型，需要借助于其它合适的方法，如手性光学法（Cotton效应）、化学相关法（手性推导）、Prelog法、Horeau法、NMR法（包括Overhauser核效应、改进的Mosher法）等来逐个确定手性中心的绝对构型；反之，如果该化合物有多个手性中心同时可以确定其中一个手性中心的绝对构型，则可以通过单晶衍射所建立的相对构型来确定其它所有手性中心的绝对构型。

如果样品含磷及原子序号更大的元素（即原子序号Z≥15），Mo靶即可确定绝对构型；如果样品不含重原子（即原子序号Z＜15），必须用Cu靶才能确定绝对构型，另外绝对构型的确定还与晶体质量有很大关系。