出现气泡很正常，主要是由于你装拄的溶剂和你的洗脱剂不一样造成的，由于空气在不同溶剂中的溶解度不同，在两种不同溶剂混合后溶解在溶剂中的空气会释放出来，造成气泡，这种因素的解决办法是最好在装拄的时候，使用和洗脱剂同样比例的混合溶剂来装，或者装拄溶剂和洗脱剂都预先脱气处理（这种方法不可取，由于超生时候会发热，对采用二氯甲烷或乙醚作洗脱剂的会改变流动相的比例），还有一个常见的原因是你在流动相里可能使用了氨水，这样也很容易产生气泡。改用三乙胺就可以了。如果上样后出现气泡，你用洗耳球轻敲柱子，慢慢柱子中的气泡可以在上面排除，对层析不会有太大的影响。

你用的是什么洗脱剂？几相系统？硅胶柱出现断层的原因，我想可能有：

一、洗脱剂没有脱气。特别是室内温度较高时，几相混合的洗脱剂，如果没有超声脱气，其中溶解的空气慢慢释放出来会使色谱柱断裂。

二、换洗脱剂。有些溶剂硅胶膨胀而还有的溶剂使硅胶收缩，洗脱剂梯度变化太大也会使色谱柱断层。

三、如果楼主用了加压装置如液氮，可能是加液时放气太快，气体从下端口冲进，使硅胶分段。这种情况不注意的话最容易导致硅胶断层。

硅胶有时遇到一些有机溶剂是会体积发生变化,但我认为是干燥的硅胶碰到有机溶剂后,表面的性能发生了改变,有放热的情况发生,我用干法过柱,无论用什么样的流动相,都会有头层流动相所到之处,柱身发热的现象,湿法装柱因硅胶事先经过浸泡,所以有充分的时间散发掉这种热量,产生的少量气泡只是因为操作者的技术原因所致,比如搅拌不充分,引入了外界的气泡,但是干法装柱,样品加好后才加进流动相,柱子中产生的热量会使硅胶缝隙中的一点点空气膨胀,形成较大的,可见的气泡,所以干法装柱的气泡产生现象会比湿法严重。