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2024-12-11 12:52:09

查某个基因的启动子区CpG岛，发现一个问题

最近在查某个基因的启动子区CpG岛，发现一个问题：在一个CpG finder的软件上，如果输入的是这个基因第一个外显子第一个碱基的上游序列，能反馈出一段CpG岛（虽然长度只有50多bp，这点也很奇怪，因为这个在线软件的CpG岛界定标准就是长度大于200bp）；如果输入的是这个基因第一个外显子序列内第一个出现的ATG序列的上游序列的话，软件又分析出一段除了前面那个CpG岛，一段更长的CpG岛。所以，就有疑惑：启动子到底是指第一个外显子第一个碱基的上游序列，还是第一个外显子里的第一个ATG转录起始点上游的序列？恳请各位指点！

基因工程

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启动子是RNA聚合酶识别结合的DNA序列，启动子2的区域是第一个外显子第一个碱基以前的上游序列；第一个外显子里的第一个ATG转录起始点的上游序列是5‘非翻译区。

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2024-12-11 17:16:26

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其实我们说的启动子包括核心启动子和平时说的广泛的启动子，核心启动子就在TSS位点上游0-100BP左右，而光谱概念的启动子区大概在TSS位点上游2000BP左右，另外分析CPG岛的话一般可以分析到第一个外显子区域的

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2024-12-11 18:06:57

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提问时间：	2024-12-11
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