一些典型的分选信号，输入细胞核，-Pro-Pro-Lys-Lys-Lys-Arg-Lys-Val-，输出细胞核；-Leu-Ala-Leu-Lys-Leu-Ala-Gly-Leu-Asp-Ile-，输入线粒体：+H3N-Met-Leu-Ser-Leu-Arg-Gln-Ser-Ile-Arg-Phe-Phe-Lys-Pro-Ala-Thr-Arg-Thr-Leu-Cys-Ser-Ser-Arg-Tyr-Leu-Leu-输入质体+H3N-Met-Val-Ala-Met-Ala-Met-Ala-Ser-Leu-Gln-Ser-Ser-Met-Ser-Ser-Leu-Ser-Leu-Ser-Ser-Asn-Ser-Phe-Leu- Gly-Gln-Pro-Leu-Ser-Pro-Ile-Thr-Leu-Ser-Pro-Phe-Leu- Gln-Gly-输入过氧化物酶体

-Ser-Lys-Leu-COO-输入内质网+H3N-Met-Met-Ser-Phe-Val-Ser-Leu-Leu-Leu-Val-Gly-Ile-Leu-Phe-Trp-Ala-Thr-Glu-Ala-Glu-Gln-Leu-Thr-Lys-Cys- Glu-Val-Phe-Gln-返回内质网：-Lys-Asp-Glu-Leu-COO-（KDEL）由质膜到内体：Tyr-X-X-Φ

每一种信号序列决定特殊的蛋白质转运方向，如输入内质网的蛋白质通常N端具有一段信号序列，含有6-15个带正电荷的非极性氨基酸。由高尔基体返回内质网的蛋白质，其C端的四个氨基序列。目前对于信号斑了解较少，主要是因为它存在于复杂的三维结构中，很难将其分离出来研究。

信号肽预测工具：www.cbs.dtu.dk/services/SignalP，主要基于人工神经网络法预测，返回结果中的Ｃ、Ｙ、Ｓ都为YES 时预测效果较好，当然信号肽一般位于N端，预测结果没有信号肽时，也可能位于C端，这还需要生物学实验证明

S-score 值高说明此处的氨基酸是信号肽的一部分的可能性大，相反该氨基酸是成熟蛋白的，C-score 值代表切割位点的可能性，Y-max：C与S的结合，出现多个C的高峰值时，Y值高有可能是切割点，S-mean：N端到Y-max最大的氨基酸之间的S－score的平均值，在SignalP version 2.0中这是一个区分分泌和非分泌蛋白的关键值。D-score：SignalP version 3.0中出现这个值，是S-mean和Y-max score的简单平均，在3.0版中用来区分分泌型和非分泌型蛋白，类似2.0种的S-mean。非分泌型蛋白用SignalP3-NN预测出来的每一项值都应该很低。这里是说明：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-3.0/output.php