2024-12-10 23:04:49

如何理解GSEA的结果图?

如何理解GSEA的结果图?

1531186203(1).png

回答 0 评论
您已邀请来回答问题
基因工程×

3个回答

测的基因组集中表达在KL+KC组中

2024-12-10 23:46:07

差异表达基因富集在上面的通路中。

2024-12-10 23:51:27

说一下我的理解,如有不对还请指教。这是Enrichment plot那个基因集的结果。它是KL+KCT组中ES值最大的一个富集基因集。整幅图的意思是将基因集内含有的基因按照探针表达值从小到大排序后,在此序列前部或后的某一个基因集的富集程度。计算原理是扫描整个排好序的序列,当出现一个在此基因集内的基因时,EnrichmentScore(ES,下同)就增加,反之减少。所以整个扫描下来ES的变化呈一个连续的曲线分布。最终确定ES的值是将整个序列的值设为基准,ES值为正表示基因富集在排序序列前方,为负表示基因富集在排序序列后方。整个曲线最高/低点即为最终的ES值(取决于曲线偏移程度),如图,ES值看不大清楚,就是折线最高点。曲线下方的竖黑线表示基因集的亚集,不难看出每个亚集的出现都导致了ES动态曲线变化。亚集出现得越多说明基因功能越集中。最下方的是排序曲线。排序值沿芯片等表达值数据的排序序列由大到小分布,正值表示当前基因与分组中第一个表型(KL+KC)相关,负值表示与第二个(KP)相关。


2024-12-10 23:57:53

你的回答