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2025-01-26 21:47:15

如何判断一段序列中有没有miRNA作用位点？

现已知一段序列，位于某基因外显子上，但属于非翻译区。

如何判断这段序列有没有miRNA作用位点，是哪个？

生物信息学

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3个回答

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同miRNA的预测相比，其靶基因的预测更为困难，而且鉴定复杂。

已知的miRNA与靶基因的相互作用中，miRNA5‘端的2~8个核苷酸几乎无一例外地与靶mRNA3’端UTR区完全互补，因此许多预测方法都采用了这一特点。同时结合miRNA与靶基因形成二聚体的热力学稳定性和二级结构分析软件。搜了下，目前貌似有许多的miRNA靶基因预测软件，如TargetScan，miRanda，DIANA等，没用过，也不知道哪个好用......你可以多用几款试试

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2025-01-26 21:56:02

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TargetScanS, PicTar或者miRanda数据库，与seed sequence进行比对看看，包括不完全互补的序列。不过即使有一些miRs的seed与你所寻找的区域重叠，也只能推测它可能是这些miRs的靶点。

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2025-01-26 22:00:50

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可以用常用靶基因预测软件比对

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2025-01-27 06:00:00

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提问时间：	2025-01-26
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