普通的内参，如actin、GAPDH等和非磷酸化的抗体都要做。普通内参保证了western操作电泳上样量一致，排除体系本身的影响。将磷酸化抗体的结果和非磷酸化抗体的结果的比值作为某种刺激（药物作用）对信号通路中某种酶磷酸化程度的影响，这种表述实验结果的方法是最客观的，也是必需的。如果不做普通内参，不能说明最后实验结果（磷酸化抗体检测目的蛋白的变化）是因上样量不同而致还是因药物（外界刺激）作用而致。如果不做非磷酸化抗体，也可能本身药物（外界刺激）作用能够导致该蛋白量和磷酸化程度都有改变，对这种双重改变表现不出来，会直接影响后续结果的分析。多多交流！

我一直为这个事纠结，看了大量SCI，类似pp38/p38表示p38的功能变化这种测试非常常见，根本没做常规内参，我觉得，pp38/常规内参就可以表明p38活性变化了，毕竟对于类似p38这种蛋白，pp38才是其功能性蛋白，p38总蛋白是否变化都无所谓，pp38/常规内参的变化最能说明问题。或者三者都做，同时说明pp38/常规内参、及p38/常规内参的变化，说明具体总蛋白和磷酸化蛋白变化情况，但是pp38/p38的意义不大，不能说明整个信号通路中，到底功能形式的磷酸化蛋白是多了还是少了，只能说明总蛋白中磷酸化比例的变化，讨论时不太有力。

都要做的吧 ，我认为，内参可以起到作为体系的对照，非磷酸化抗体的结果本身在不同的条件下可能本身就有不同，不知道我说清楚了没有

一般来说：修饰的蛋白，一定要做非修饰的蛋白，因为如果进行了处理，很有可能非修饰的蛋白量发生了变化，如果非修饰的蛋白都没有了，再做修饰的蛋白就没意义了，而且非磷酸化抗体的价格只有磷酸化抗体的价格的40%，强烈建议你买，

我觉得也可以做总的蛋白量，然后再做磷酸化蛋白的量。如总量不变，磷酸化的变了，也可以很说明问题吧

我觉得表达量和磷酸化水平的改变 应该分别讨论 分别具有不同的意义 应该分开来讨论 表达量升高了 磷酸化水平升高本身应该不矛盾吧