如果是谈到蛋白质组学，定义在组学概念的话，建议你用itraq ，现在有AB的5600这款仪器，做细胞的话，盲筛到3000种左右的蛋白应该没什么问题，筛到的蛋白够多，就可以通过分析手段挑出差异蛋白，之后你可以动物实验进行验证也好，临床回顾分析论证也好。这个手段固然是不错的，但是费用估计会比较高，如果是8标itraq实验，普遍收费应该在7万-9万之间吧。2DE和2D-DIGE实验费用就很低了，但是你得不到多少蛋白信息，就不用谈蛋白质组学了吧

找到差异蛋白：细胞培养，药物刺激后，蛋白组学分析寻找差异蛋白；大量信息学分析后筛选有潜力蛋白。再通过动物实验验证：楼主可否详细说说动物实验验证设计思路？个人觉得先回到细胞验证要实验操作性强一些。临床回顾分析论证：可以收集临床样本，进行免疫组化或者WB，如果有针对X蛋白的抗体，操作性较好。

用itraq4标，两种细胞，分对照和药物刺激，共4个样品，一次实验完成。如果想更好一点，做一次生物学重复，用itraq8标。8标大概8w块钱。

个人建议选iTRAQ比较合适，分辨率和定量准确性都不错，就是价格有点贵，如果你是多组样品的话（多时间点或多组处理）话选iTRAQ会比较好一些，如果单组样品，又要考虑费用的话，选2DE的银染也不错，