电泳结果是在对蛋白做了处理之后得到的结果，因为加了SDS和巯基乙醇啊，已经不是原本的结构了。而SEC是对原始状态的分析，有差别很正常。说明目标蛋白具有一定的空间结构。

SEC检测经常会有这样的情况的，分子量在两倍内的蛋白经常出现一起出峰的情况。我们做抗体就经常遇到，SDS电泳能明显看到有轻链条带的，但是SEC结果确完全没有这个。但是通常SEC测二聚体多聚体跟单体能与SDS-page电泳比较吻合（这个同样的也是两倍分子量的差别），个人猜测这跟填料的孔径分布相关。而SDS-PAGE电泳对于片段这些分子量小的杂质能跟毛细管电泳的结果有很好的对应，但是在二聚体或多聚体上两者表现又是不一致的。所以我们通常是这三种方法联合使用，判断样品情况。

你这是梯度胶，感觉marker是不是标错了，建议电泳中加入bsa这类已知蛋白确定一下marker的位置，如果没问题，那就和大家说的，可能和蛋白的空间结构有问题，蛋白的3级结构没有打开。

原因可能是样品和柱填料有作用力（比如疏水作用），添加有机溶剂或许能改善；也可试试带亲水涂层的SEC柱。我试过，有效的。