蛋白组学检测中组份和上机时间多少合适？

求助！最近要做蛋白组学，用的仪器是Thermo QE，TMT10标，上机的过程中做多少组份合适呢？有的公司是做8组份，每组份上机2小时，总共上机16小时；有的公司是做24组份，每组份上机1小时，总共上机24小时。请问，做蛋白质组，组份和上机时间设置为多少合适呢？谢谢！！！

生物信息学

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原则上，组分越多，offline分级效果越好，样本复杂度降低，鉴定到的蛋白质和多肽数目会增加。另外，QE属于高灵敏度的仪器，扫描速度很快。同样的样品，1h/sample，2h/sample，多肽数目鉴定差别较大，但是蛋白质数目差别不大。因而，建议使用24h

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2024-11-22 12:19:56

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上机时间里面前半个小时是稳定器，数据不能用。所以上机时间最好在1.5-2小时，组分的话多一些会比较好，当然要求也比较高了。像你说的那两个公司，有效的检测时间都是12小时

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2024-11-22 12:22:40

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因为1个小时的话工作时间短，所以说尽管分级比较多，但是结果不一定理想。

现在的话一般公司都要起码分10-12级吧，检测怎么也要到1.5-2小时了

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2024-11-22 12:26:36

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可以啊，2h太长，1h相对较短，1.5h兼顾了组分数目，总分析时间，以及蛋白质鉴定数目，很不错！

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2024-11-22 12:29:03

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