这个图很显然是用CytoScape做的！

 Cytoscape可以直接导入KEGG通路的！

这个查基因关系的方法就太多了，这些关系有可能是公共数据库里的信息，例如：你把某个基因进行通路注释得到的结果。也有可能是你通过某种算法得到的基因的关系，例如：你把基因长度的距离定义为一种关系（只是举个例子），那么这也是一种关系。

看你选择什么属性的，你可以选择degree来标记点的大小，也可以选择Betweenness来标注，就看你怎么赋予点大小代表的意义

在cytoscape里面有对网络进行分析的选项，对网络进行分析，可以得到节点的属性和网络的属性

PPI network主要是根据数据库已有的蛋白之间相互作用或者预测结构域是否有相互作用而建立的network，而co-expression network是根据检测到的基因或者蛋白之间表达情况，用生物信息分析算法计算基因或者蛋白之间可能的相互作用。