我能说，p-value骗了整个世界么？富集分析是方便的让你从一大堆基因中找到可能的pathway，得到了结果，更多的是要靠专业的生物学知识，而不是用p值一刀切。

2个貌似太少了吧。你看一看那两个基因要是在pathway里面的位置要是非常靠近，还值得做，如果距离太远，基本上没什么意思了。另外，你筛选基因的方法是什么？样本量多大？怎么感觉你的分析非常“随机”呢？我的经验中，怎么也能找到几个pathway里面有10个8个基因的。

p值是富集的时候检验富集显著性的p值，你需要知道他是用什么方法做的富集检验，常见的有超几何检验

一般是用hypergeometric test 算出来的

这种情况下，还是不要看富集分析的结果了，直接看差异表达，按照差异显著p value排个序，看看你感兴趣的基因的位置。

p<0.05，说的是在允许犯α（=0.05）错误的情况下，拒绝H0，接受H1。我个人认为，p的大小（当都小于α）并不具备顺序的意义。更有意义的是利用fold change排序。

个人感觉fold change受低表达量的影响比较大。表达量低的基因，fold change需要很大，p value才显著。这个也合理，因为表达量低的时候，受随机或者背景噪音的影响比较大了。而p value考虑了这个因素。