你要做什么样的后续分析？我最近也在做这方面。 我15对标本芯片结果mRNA 1000多，lncRNA3000多。

建议你看看表达值，有的表达值过低的可能会是误差。另外不知道你的标本重复个数是多少。显著差异的个数那么多是有点怪异，可以研究一下标准化的方法是不是存在系统误差。

差异分析过多的话你可以通过设置P值和FDR值来过滤，这样能减小目标范围。建议你去这个网站去做差异分析，做筛选的话，可以根据需要进行差异基因个数的筛选，就是说，你想要100个差异基因，可以通过参数设置，选择最优的100个差异基因。www.gcbi.com.cn

进行GO和pathway分析，这个芯片结果里应该有，然后看看变化集中在哪些通路，分析是否和自己的研究相关。表达谱芯片主要在于宏观分析，单个基因是有可能有错误的。

找GO和KEGG中你关注的通路，再找通路里target gene，多选写基因验证吧

可以先把数据标准化一下，或者对p值进行fdr校正。批量t检验（如果你用的是t检验的话）会出现大量的假阳性，fdr校正后会好很多。