GO功能数据库中是已知基因的功能注释，你要对未注释的基因进行注释的话，有几个小建议可以参考：（1）co-expression，与protein-coding 基因做共表达分析，然后对显著共表达的基因进行功能富集分析。（2）si-RNA干扰实验后RNA-seq测序，对干扰前后显著变化的基因进行功能富集分析。（3）在基因组上寻找其附近的基因，根据附近基因的功能进行推测。

GO只是基因的注释，你可以在全基因组进行比对找同源，然后看GO注释

如果是新基因，在ncbi上也没有找到匹配的已经注释的序列，那就够呛了。不过你还是可以到GO注释的一系列相关网站上进行搜索看看，其基本的原理就是先在它自己的库中比对，看看匹配上哪些已经注释的蛋白，然后就认为你的基因也具有相似特征，当然，这个特征是从三个层面来描述的，不限于功能描述。即使有匹配，也不一定准确，因为有些注释是通过实验验证过得，有的只是机器注释的，但没有验证，所以结果可信度也是要区别对待