可以，但要保证样品量，跑胶时尽量跑开点．鉴定的方法越多，说服意义当然越大。不过仅仅是鉴定一下蛋白质，又不纯化分离，做这么多鉴定有必要吗？

同意楼上意见，Western blot鉴定比pmf要准确的多。没看很多文章做了pmf后，都要经过western来确认。不过对于小分子量的蛋白质来说，n-端测序可能比pmf更有效！

直接跑一维PAGE胶来测序或者单独做pmf，都是不可取的。除非你的样品相对比较纯！

使用SDS-PAGE分离，再将蛋白胶切下来做PMF是完全可行的。但是PMF比对的是肽谱图，存在一定的假阳性概率，因此对蛋白纯度的要求较高。所以，建议SDS胶跑开一些，保证切下来的蛋白胶不被其他蛋白胶影响，另外，切胶的时候注意不能被角蛋白等杂蛋白污染。PMF鉴定效率都比N端测序要更高，价格也更低。但是蛋白量、蛋白纯度足够高的话，PMF的结果也是同样可信的。