我想楼主的问题只要经过自己实验确证了操作肯定没有问题，在做好各项对照的情况下能充分说明这一问题即可。当然还需要在发文章时讨论一下这一情况，也只是需要针对这一特定基因、特定刺激（药物作用）来说明就行（如果与已发表文献报道不一致，也可能是实验条件不同所致），而没有必要讨论这一生物学现象，这点是很正常的。首先基因的表达分为转录和翻译两个层面，即mRNA水平和蛋白水平。而真核基因表达的转录和翻译发生的时间和位点存在时空间隔；其次在转录后，又会有转录后加工，转录产物的降解，翻译，翻译后加工及修饰好几个层面。所以从转录水平和翻译水平并不完全一致；再次因为检测的时间点不同，可能在蛋白达到峰值的时候mRNA已经降解了或者在mRNA达到峰值的时候蛋白量还在增加中。

mRNA水平和蛋白水平不一致其实非常容易理解。一般mRNA水平升高，蛋白水平通常也会升高，但是反过来就不是这么回事了，也就是说蛋白水平高，mRNA水平通常可能是低的，这就存在一个细胞调节机制问题，如果是通过调控转录水平，那么两个结果一般是一致的，如果是调控蛋白水平，结果则通常是反的。因为细胞也讲究一个平衡，当蛋白水平高了，对细胞来说是一种应激，细胞为了维持体内的平衡，必然会降低基因的转录，相反蛋白水平低了，细胞有可能会促进转录。

我觉得是因为mRNA翻译还会受到很多因素的调控，如microRNA，或者该蛋白质翻译后的前体需要经过一些修饰和激活，而这个过程需要其他蛋白质的作用，但是其他蛋白质的表达受到不一样的影响。总之，我觉得mRNA到蛋白质，中间的可能因素很多，如果细化的研究，也许能发现一些更深层的机制。

RNA水平与蛋白水平表达情况不一致其实是很好理解的一种现象 学习过生物学的都知道 蛋白是要通过转录翻译以及翻译后修饰的过程 mRNA的水平只是反应当中的转录一个环节 而翻译后修饰的过程存在很大的变数 不同的修饰会形成不同的蛋白

我认为从mRNA到蛋白质合成会受到很多调控，不一定转录量高就会也有高的表达量，但是具体的调控机制就不是很清楚了，抱歉。

RNA与蛋白不一定正比关系   机制复杂