这是很初级的网络重构。 PPI network通常是从蛋白质互作数据库，比如HPRD/DIP等，提取全部或感兴趣的互作蛋白质对，然后使用网络可视化工具，如Cytoscape等，绘制网络图。共表达网络，通常是通过计算基因之间的相似性测度，比如pearson correlation coefficient，选取一定的阈值，从而得到共表达基因对，并以此构建网络。可以说，PPI network是实验测定的网络，属于生物网络可视化；基因共表达网络是尝试通过基因之间的表达一致性关系，重构生物学网络，期望发现新规律。类似的网络还有，转录因子调控网络，microRNA调控网络，疾病关系网络等等。Cytoscape最早只是个网络可视化和网络分析工具，随着它越来越多的应用于生物网络构建/重构，研究人员开发了各种不同的插件，极大的简化了网络构建的步骤。值得注意的是，研究人员需要正确运用各种插件，理解插件所能提供的信息，根据具体的分析需求选用，而不是随便弄一套数据，应用一个插件，构建出你自己都不知为何物的“网络”。

Cytoscape最早只是个网络可视化和网络分析工具，随着它越来越多的应用于生物网络构建/重构，研究人员开发了各种不同的插件，极大的简化了网络构建的步骤。值得注意的是，研究人员需要正确运用各种插件，理解插件所能提供的信息，根据具体的分析需求选用，而不是随便弄一套数据，应用一个插件，构建出你自己都不知为何物的“网络”。前辈说的正是我们现在的困惑，刚刚学习cytoscape，对于各种类型的功能、插件显得有些力不从心，只希望通过研究前人的工作成果能懂得一二，但愿可以真正用好cytoscape.