正如大家所说，转录起始位点的准确预测现在来说基本是不可能的。能做的只是预测启动子区域，相应的下游区变是可能包含转录起始位点。要想确定的话，还是要实验才行，包括引物延伸等几个非常常用的。既然你觉得可能是第二种情况，那还是应该先用实验生物学验证一下，或者用启动子预测软件预测一下有无可能启动子区。

至于你所获得的那个5K的序列，是DNA中的某个基因的翻译起始位点上游的序列，所以有以下几种可能：

 1 ATG是这个完整基因的第一个外显子的部分序列，那这5K可能里面包含转录起始位点，这种是最好的结果，也是你想得到的：）

2 它不是一个完整的基因，也就是说ATG不是位于第一个外显子中，这5K仅仅是内含子序列，或者包含上游的其他外显子也许也包含转录起始位点，这种情况就不好说了，因为内含子序列可以很短，也可能很长：（那你如果想得到确切的答案，我认为还是需要通过实验证实，关于实验我就不懂了：（问高手吧！如果你想尝试用预测的软件，我手头上有一些，但我觉得意义不很大，最好还是用你的这条序列和数据库中比对一下，看公共数据库中是否有你的这条序列，如果有的话，那你就可以利用它的更多的相关序列了，如果没有（可能性不大，毕竟HGP已经完成了），那你的这个就是新的序列了，递交给Genbank吧！你的东西就被收录了，也为人类基因组做了贡献：）以上是我个人的看法，不知你是否满意，或有其他高人给你提出更好的观点。希望你获得满意的结果。

你的基因是原核还是真核的？要是真核生物的，转录起始位点预测是很难的！(国际性难题)

5’-RACE和primer extension analysis，后面这个应该要更确认一些，具体信息查阅文献吧。

5race技术即可确定转录位点