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2024-12-20 13:00:35
靶基因能做GO功能富集分析吗？最近做了芯片，找到些差异miRNA。下面想找到靶基因做功能相关的实验。但是在靶基因预测方面遇到一些问题。有两个想法：想法1：1、把某个miRNA放入TargetScan、miRDB等几个数据库中，搜索其预测靶基因；2、从这些靶基因中找出几个数据库的交集；3、把交集中的靶基因去做pathway分析，找出与我研究内容相关的信号通路。关于这个想法有几个问题：1.找到的这几个处在交集中的靶基因能做GO功能富集分析吗？2.几个不同的靶基因能同时在pathway里找吗？现在是单独输入一个靶基因去看它的通路，（是不是会有某个通路几个靶基因同时在里面呢？）想法2:1、选定某个miRNA，同时选定某个靶基因预测数据库，2、在该数据库中预测出n多靶基因，3、对这些靶基因直接进行功能富集分析；4、对这些靶基因进行pathway分析；关于这个想法也有一些迷惑的地方：GO和Pathway的结果如何综合起来？单一某个靶基因预测数据库是否略显单薄？请大家走过路过别错过，进来指教一下！
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3个回答
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1、miRNA的靶基因预测一般采用几个软件的交集或并集进行，如miRANDA,TARGETSCAN,PICTAR等，这主要是为了控制靶基因的数量。根据我们多年的工作经验，我们发现miRANDA与targetscan交集的结果比较准确。 2、GO和pathway是基于不同的数据库，一个是GENE ONTOLOGY，一个是基于KEGG，我们所做的事情就是将靶基因映射到数据库中，然后算一下富集的显著性，所以当然确实会出现多个靶基因出现在同一个pathway，而这些pathway也是比较重要的。对于GO和pathway不能体现的一些关系，我们往往自行构建netwrok，IPA正是构建网络的一款优异软件，可惜费用比较高。同类的软件有metacore等，如果需要免费的，可以用cytoscape。 |
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富集分析方法通常是分析一组基因在某个功能节点上是否出现过表达，一般情况下需要三个文件： 1、研究对象的基因列表、可以选用靶基因； 2、背景基因列表、可以选用该物种所有基因； 3、基因注释列表、就是每个基因对应的GO、PATHWAY信息、这个比较难搞，建议从Ensemble、KEGG网站上下，注意要把基因编号与前两个对应起来；有这三个条件一般方法都可以用了，也有一些方法（如GSEA）在富集时需要用到表达量信息，注意在做的时候不要选用这类方法
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