你问的就是质控啊……怎么突然就不想做了呢，真的不要畏惧学习R，这比学习C语言等真的不是简单一点点。零基础学一周的C去考试基本必挂，而学一周的R基本上看得懂所有package的说明，所有package都能自己试试了。不管从长远来看，还是从稍微远点的近期来看，都是低投入高回报的事情。多数情况下，分析别人已经发表过的数据，确实质控就是个走过场和形式主义。但是万一有问题没被别人发现呢? 或者更实际点的，你以后的研究如果足够深入，总会涉及到自己做芯片、测序，或者综合大量的数据进行分析，你会不会后悔自己没有在别人做好的数据上先好好练手学习呢?

不会用R的话，还是学一下R的基本操作吧。基本上一两天就好，最多一个星期。如果以前有考过计算机二级的话，其实很多思维上相同的，只是一个表达方式的区别，真花不了多少时间，不要畏惧。学会了基本操作就可以用affy及拓展包分析了。看官方的参考文档就好

如果是affymetrix芯片，有四到五个比较直观地估测方法，可以查阅相关的package说明

不会用R也没关系的。在GEO下载数据时，可以使用NCBI提供的GEO2R，这个工具就在GEO的下载页面。不用命令行，只需要鼠标就可以观察了。当然，可修改的参数不多，但是，观察箱式图是足够方便了。

其实是不可以的。你看看GEO2R的说明里的limitations就写了，这个工具不考虑数据的可比性及质量，芯片质量怎么样是无法看出来的

质控不可以用这个的。你看看GEO2R的说明里的limitations就写了，这个工具不考虑数据的可比性及质量。