6个回答
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如果楼主的目的基因不明确或想找寻新的基因，可以用表达谱基因芯片（microarray）或转录组测序的方法检测，这样做的好处是通过高通量筛选基因，比较全面地了解实验组和对照组所有基因的表达情况，但这又是一把双刃剑，产生的数据量比较大，需要花费大量时间通过生物信息学分析和文献来确定目的基因，再用qPCR方法验证。 若确定研究主题和方向，还可以选择另外一种方法：PCR芯片（PCR array）。它是根据qPCR原理设计而成，通过数据库与文献锁定与研究主题紧密结合的几十个到上百个基因（如96孔规格，可检测88个目的基因，余下8个为质控），可根据研究主题，选择不同的PCR芯片系列（如癌症，干细胞等）进行表达谱分析。这个方法更适合靶向研究，目的性较强。 |
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DGE是数字表达谱，2009年测序价格比较贵，所以有了DGE技术进行表达定量，其原理是对ploya前面几十bp的碱基进行测序，然后根据这些表达标签在每个基因上的堆叠数量确定表达水平，现在随着测序价格下降，已经很少有人用了，现在转录测序主要是rna-seq。基因芯片是上世纪技术，基于基因特定序列和25bp或者60bp的探针互补杂交后，根据基因片段化后的荧光标记亮度来确定表达量的，所以基因芯片上的基因都是已知的，需要确定该芯片设计的基因组版本是否是当前主流，有点在于快，技术成熟稳定，当然，affy探针是激光原位合成的，而安捷伦等芯片是打印的，至于选择哪家公司检测，看自己喜好，基因芯片规定是可以洗涤3次的（温度上升解链后洗涤），洗涤后会使得探针簇密度发生变化，所以，只要确定该公司不洗涤芯片，就可以。rna-seq关注点主要就是测序平台的选择，如果关注基于rna-seq的snp，最好是hiseq2500的4色荧光判断碱基构成，另外一个就是库长，现在主流hiseq基本都是双短150的，所以库长在300以上不会造成数据浪费，另外一个就是数据量，6gb数据其实就是40m reads，注意转录确定表达量就是要看reads数量的，和测序长度关系其实不大，所以miseq会显得成本过高，x10现在是主流了（主要是便宜）。另外看特殊需求，是否需要链特异建库，主要好处是能够更好的分辨lnc或者环状rna。一般看表达，白皮书说最低需要10m reads。测序的好处就是数据可以和以前的测序数据联合分析，批次问题及参考基因组版本问题相对于芯片影响不大（测序是数reads得到表达量，芯片是杂交荧光信号，所以芯片不同批次间因为杂交温度，环境等问题很难标准化在一起，并得到很好的聚类结果）。当然，测序还有一种模式是单端测序，适合短片段的比如小rna，pirna等特定需求的测序（双端测序由于库长原因（长度不够无法形成桥式pcr），所以不建议双端测序平台）。至于公司，找到自己有测序平台的，具有经验的即可，现在价格都差不多，当然，还有数据分析。如果只是看表达，现在好像有种靶向转录组，没用过，你可以了解下。 |
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楼主做的是小鼠，总体来说芯片也是比较成熟的，相对于测序来说，周期应该差不太多（如果芯片已经有备货的话）。楼上已经有朋友回复了，芯片主要检测的是已知基因，主要有Agilent，Affxy等公司的小鼠表达谱芯片，国内提供芯片技术服务的公司也很多，博奥、伯豪等等很多。相对于芯片平台来说，测序的公司就更多了，华大、诺禾等等，很多。楼主可以多找几家公司，从研究的目的（是否关注未知基因）、周期（如果选择芯片的话，要考虑芯片的备货周期，看是否有现货）、价格、技术支持等方面综合比较。 |
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如果楼主的目的基因不明确或想找寻新的基因，可以用表达谱基因芯片（microarray）或转录组测序的方法检测，这样做的好处是通过高通量筛选基因，比较全面地了解实验组和对照组所有基因的表达情况，但这又是一把双刃剑，产生的数据量比较大，需要花费大量时间通过生物信息学分析和文献来确定目的基因，再用qPCR方法验证。若确定研究主题和方向，还可以选择另外一种方法：PCR芯片（PCR array）。它是根据qPCR原理设计而成，通过数据库与文献锁定与研究主题紧密结合的几十个到上百个基因（如96孔规格，可检测88个目的基因，余下8个为质控），可根据研究主题，选择不同的PCR芯片系列（如癌症，干细胞等）进行表达谱分析。这个方法更适合靶向研究，目的性较强。 |
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以我的经验，只有做芯片或者转录组测序，做DGE比较鸡肋，意义不大。芯片比较快捷，得到信息较少，但能够满足表达检测的需求；转录组测序除了已知基因的表达外，还能得到SNP/Indel等信息，同时还能用于查找新的转录本，价格与芯片差不多。建议做转录组测序。阅微基因具有专业的技术人员，在行业内有十年的经验，还是值得信赖的。 |
