up vote 274 down vote

2024-12-21 07:37:07

差异基因的选择标准是什么？

本人新手，之前没有任何数据分析经验。手上有个转录组的数据需要进一步分析，A样本和B样本部分结果如图表所示：

图片1.png

有2个问题问一下：

1. 差异基因的选择标准是什么？B to A RPKM ratio相差多少倍算是有差异，P-value在这里怎么理解，是否如统计中常见的<0.05就ok吗？
2. 找到上调和下调的基因后怎么处理这批数据？具体是怎么样一个大致流程。尽管看文献中提到做GO分析聚类pathway等，但是还是不太明白具体每一步是怎么操作的，请高手给些指点，最好能举个实例。

基因工程

回答 0 评论

更多

2个回答

up vote 18 down vote

1、差异基因可以用p值来选，有时候可以加上fold change来控制，一般使用1.5倍或者2倍，也可以设更高。不知道你两个样本怎么计算的p值，我也做过这种read是的计算p值的方法，未必和你的一样。你可以用这个p值的。但p值的使用不能简单用0.05，需要用FDR校正后的值。

2、没用过GO的话建议你直接用现成的软件，而不是自己去做。有很多现成的免费的GO富集网站和软件，自己去搜吧。还有n多收费的，如genespring，IPA。还可以去看看转录因子富集分析，或者用GSEA，简单漂亮而且效果不错。如果是新手，建议你找个师傅带，否则难。

0 评论收藏举报

2024-12-21 07:43:09

up vote 3 down vote

GO分析时，是把所有有差异的基因作为整体来分析的

0 评论收藏举报

2024-12-21 08:00:08

你的回答

提问时间：	2024-12-21
浏览量：	2815
最近回答：	2024-12-21

相关问题

超声波破碎有什么具体的要求吗？回答 9

含测中线性范围的上/下限是如何确定的? 回答 5

集思广益，关于未知杂质属于什么类型？回答 4

提取足够量的蛋白需要多少细胞？回答 4

D-氨基葡萄糖和N-乙酰基-D-氨基葡萄糖，对细胞... 回答 3

mRNA的表达量是升高的，能否说明那它的蛋白质的表... 回答 6

咖啡因和对乙酰氨基酚在一起制粒稳定性问题回答 3

提取核蛋白的方法，应该注意什么？回答 3

采用软件进行蛋白消光系数的测定，一般是采用哪个值呢... 回答 3

基因芯片GPL6244平台对应的基因名字，要怎么才... 回答 3