有不少吧，http://www.proteinatlas.org/ 就是其中一个，但主要是人的及相关细胞株。另外，转录组的数据是不是也可以作为你的参考呢？NCBI GEO就是

可以显示某蛋白的组织表达特异性了，主要是mRNA的定量数据，

Gene Ontology 该网站可分三个视角结构蛋白质功能 可查到蛋白质参与了什么生物事件 蛋白质本身的活性以及蛋白的亚细胞定位

这个问题好像不是很弱；印象中好像是公司一般会有这样的数据库，记得是哪个公司的menu上面有这样的信息，写了很多页的，做实验的人更熟悉一些

这就是进展中的蛋白组学吧？由数据库，但主要还是找文献，找同行。可能Western Blot还是目前的最终标准手段；然而也受抗体限制。

个人觉得如果是想看已知基因的表达谱情况，做基因芯片足以，如果想挖掘表达量较低的基因或者其他转录本，做高通量。