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2024-12-22 16:18:53

基因芯片GPL6244平台对应的基因名字，要怎么才能找到？

在geo找来一个芯片进行分析，ID-REF全是数值，求助帮忙找到对应的基因名。

生物信息

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具体问题具体分析。有的一个芯片在GEO上有多个版本，如Probe ID version，如Feature version版本等，在这个版本里找不到可以到同芯片下其他GPL去找。或者终极办法：这个只要是商品化芯片不是定制芯片，直接去厂商网站找注释，只要它没倒闭肯定有的。以你问题为例，GPL6244对应的Affy Human Gene 1.0ST官网是有注释的，但是探针没法一一对应到某一个gene symbol上，因为一个探针会对应多个基因的编码区。你可以下载GPL6244页面内这两个文件看看便知。

微信截图_20181012134513.png

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2024-12-22 18:46:48

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芯片名称注释的，可以用R软件的Bioconductor

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2024-12-22 18:58:50

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用R/Bioc来做注释有限制，不是每个芯片都有对应的数据集在Bioc里的。

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2024-12-22 21:00:28

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