方法上没有问题，但能否成功，要视情况而定。具体可以看看相关网站，军科院张成岗就编了一个软件专门做这个，具体记不太清楚了。

先做BLAST比较（取出一条来比其他的），找到相识的序列（E自己定），再用phrap程序拼接这些序列，（程序来自华盛顿大学，自己去问作者要）。然后把拼好的序列作为种子比（BLAST）其他的序列，再做拼接，依次类推。直到不能拼接为止。一般来说都要用PERL来写一个管道程序，其实也很简单，方法也很老套，这篇文章90年代还上过nature(science?)。

phrap是来拼接shotgun测序的序列的；对于EST，你的量肯定不大，可以用cluster或者cap3来做。

是可以，但没必要，你去看做EST拼接 full-length cDNA的文章，基本都是用cap3或者cluster来拼的，你用phrap拼那还得用consed来看。